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  • ApeKI來源于超嗜熱需氧古生菌(Aeropyrum pernix) K1，屬于Type IIP型限制酶，識別并切割G/CWGC序列，形成3堿基突出的粘性末端。ApeKI是基因組簡化測序（genotyping-by-sequencing，GBS）的首選酶之一，此外，還廣泛應用于動植物遺傳研究、群體進化分析及功能基因定位等領域。 識別位點： GCWGC 5'...G↓C W G C...3' 3'...C G W C↑G ...5' 同裂酶：TseI 注：同裂酶對于不同的甲基化修飾可能具有不同敏感性。
  • AarI屬于Type IIS型限制酶，是PaqCI的完全同裂酶，識別CACCTGC序列并在其下游進行切割，形成4堿基的5'突出。不同于常規(guī)的Type IIS限制酶，AarI酶切需要兩個或兩個以上識別位點，搭配隨酶附贈的激活劑可實現(xiàn)完全酶切，在沒有激活劑的情況下可以酶切，但無法酶切完全。AarI的識別序列長達7堿基，在基因中的出現(xiàn)頻率較低，尤其適合用于Golden Gate組裝。 識別位點： CACCTGC(4/8) 5'...C A C C T G C (N)?↓...3' 3'...G T G G A C G (N)?↑...5' 同裂酶：PaqCI 注：同裂酶對于不同的甲基化修飾可能具有不同敏感性。
  • 識別位點： GAGCTC 5'...G A G C T ↓ C...3' 3'...C ↑ T C G A G...5' 同裂酶：Psp124BI, SstI 異裂酶：Ecl136II, EcoICRI, Eco53kI 注：同裂酶對于不同的甲基化修飾也許具有不同敏感性。
  • 識別位點： CCCGGG 5'...C C C ↓ G G G...3' 3'...G G G ↑ C C C...5' 異裂酶：Cfr9I, TspMI, XmaI 注：同裂酶對于不同的甲基化修飾也許具有不同敏感性。
  • 識別位點： GGCCNNNNNGGCC 5'...G G C C N N N N ↓ N G G C C...3' 3'...C C G G N ↑ N N N N C C G G...5'
  • 識別位點： CCTGCAGG 5'...C C T G C A ↓ G G...3' 3'...G G ↑ A C G T C C...5' 同裂酶：SbfI, Sse8387I 注：同裂酶對于不同的甲基化修飾也許具有不同敏感性。
  • 識別位點： AGTACT 5'...A G T ↓ A C T...3' 3'...T C A ↑ T G A...5' 同裂酶：ZrmI, BmcAI 注：同裂酶對于不同的甲基化修飾也許具有不同敏感性。
  • 識別位點： CCTGCAGG 5'...C C T G C A ↓ G G...3' 3'...G G ↑ A C G T C C...5' 同裂酶：SdaI, Sse8387I 注：同裂酶對于不同的甲基化修飾也許具有不同敏感性。
  • 識別位點： GCTCTTC(1/4) 5'...G C T C T T C (N)?↓...3' 3'...C G A G A A G (N)?↑...5' 同裂酶：BspQI, LguI, PciSI 注：同裂酶對于不同的甲基化修飾也許具有不同敏感性。
  • 識別位點： GTCGAC 5'...G ↓ T C G A C...3' 3'...C A G C T ↑ G...5'